データのバックアップをきちんととっているか、管理体制はかなり重要です。
以前、ファーストサーバのデータ消失事件（？）がありましたが、自社でもできるところからバックアップやデータ保護が必要になります。

データは消失だけでなく、漏洩の危険もあります。
バックアップを自社できちんと取り、ショップ歴が長い場合などは余計なデータをきちんと削除することも検討しないといけませんね。

受注メールが届かなくなる？

受注メールが、いちばんネットショップとしては大切でないでしょうか。」
もし、受注メールのサーバが障害にあっていたら、自社サーバの情報をあなたはどこを見たら知ることができるか、わかっているでしょうか。

受注メールは、もっとも濃い情報というだけでなく最初にショップに届く、いわばフレッシュな情報。だからこそ、これはきちんと保護できる体制をとらないといけません。

すべての顧客情報が詰まっていますし、それをデータベースとして活用できるソフトもたくさんあります。これらのデータベースソフトも、バックアップ機能はほぼ必ずあると思いますので、定期的にバックアップをとってPCから退避しておくなどします。（メモリやCDでPCとは別に保管しておく）

私はこの点を、ショップ運営の初期のころに指導してもらいました。

が、実際、ショップ店長仲間と話していると、このあたりがザル（ごめんなさい）という人もかなりいます。リスク管理の心構えというか、それこそ何がリスクになるのか？ということもわかっていない人もいるのだと感じました。

メールを保護する

私の場合、メール転送機能を使い、メール内容をいわゆる「コピー」します。
これで1つのアドレスが万一つぶれていても、もう一方のアドレスでカバーできます。
私のようにほかのPCやメールソフトで受信したい場合も有効です。

またメールが届かない場合、エラー文の解読以外は自社での原因究明はかなり困難です。（サーバ障害がわかっていれば早いですが）いろんなエラーパターンを熟知して、自社のメールエラーや遅延、未達の要因を学習･経験しておくことだと思います。

実際にはお客様要因であることも多々あります。

信頼できるサーバを選ぶ

私が今管理しているサイトはASPとレンタルサーバの中でも専用サーバを使っています。
専用サーバを使うことで、共有レンタルサーバを使うよりも他社（他人）の影響を受ける可能性が少ないので、表示の高速化や安定性にすぐれているかもしれません。（一概には言えませんが）

ASPもメンテナンスをきちんとしているところ、実績のあるところを選んで、そこでホームページやメールを管理することで、バックアップやデータの送受信、ホームページの表示等がスムーズになるケースも多いと思います。

ファーストサーバの一件があってから、「データバックアップ」を機能としてウリにしているサーバも多くなりました。さかのぼって7日程度前なら自動データバックアップなどをしてくれるサーバが多いですね。

メンテナンス・バックアップを外注する

私のようにひよっこwebマスターの場合、専門的な部分はあまりわかっていません。
そのため、月額費用を支払ってメンテナンスをしてくれる、信頼できる会社と契約する方法もあります。

自分がこう思った理由は、
「ホームページがぶっ飛んだとき、自分ひとりでの復旧は無理」
と感じたからです。

最近はCMSがかなり流行して、素敵なデザインテンプレートも山ほどあって、サイトやページ制作は容易。でもサイトのリカバリ・バージョンアップ・復旧はかなり複雑になっていると思います。理由は、これまでのhtmlやCSSだけを理解していてもダメで、データベース周りの知識がないと難しいからです。

実際に、使っていたEC-CUBEもバージョンアップが簡単できない、現行バージョンではできるようになっているのかもしれませんが、必ずあとでバグリリースが出るので使うのをやめました。（バックアップ機能も、なぜかほぼまともに動きませんでした＾＾；）
こういうのはボタン1つでできたり、自動でメンテしてくれるASPの恩恵をやっぱりかんじますね。

データはいつもそこにあってくれるのではなく、自己管理（自社管理）が必要だということを理解して運営するべきですね。